Umfassendes Tumorprofiling

Was ist umfassendes Tumorprofiling?

7. Dezember 2023       Lesezeit: 5 min

Abstract

Mit Hilfe eines umfassenden molekularen Tumorprofilings (CGP: Comprehensive Genomic Profiling) lassen sich genomische Veränderungen identifizieren.1 Hieraus können wichtige klinische Informationen, wie etwa zu relevanten Treibermutationen oder zur Tumorlast und Mikrosatelliteninstabilität, gewonnen und potenziell geeignete Therapieoptionen abgeleitet werden.

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Genomische Alterationen

Veränderungen des Genoms, sogenannte genomische Alterationen, verändern die Gene und können deren Funktionsweise beeinflussen. In der Onkologie finden sich genomische Alterationen, die in den Zellen in der Regel entweder Onkogene aktivieren oder Tumorsuppressoren inaktivieren.2

Die vier Hauptklassen genomischer Alterationen sind:2,3

  • Basensubstitutionen
  • Insertionen oder Deletionen
  • Kopienzahlvariationen
  • Genrekombinationen
Gezeigt sind die 4 vier Hauptklassen genomischer Alterationen: Basensubstitutionen, Insertionen oder Deletionen, Kopienzahlvariationen und Genrekombinationen

Abb. 1 Genomische Aberrationen und mögliche therapeutische Auswirkungen.4–12

Die molekularbiologische Analyse von Tumorzellen kann helfen genomische Aberrationen zu entdecken für die eine zielgerichtete Behandlung zugelassen oder eine klinische Studie verfügbar ist. Auf Basis onkogener Alterationen lassen sich therapeutische Ansätze personalisieren und so das Outcome der Patient:innen potentiell verbessern.

Nachweistechniken genomischer Alterationen

In den vergangenen 50 Jahren wurden verschiedene molekulare Testansätze entwickelt, die für die Bewertung des molekularen Status bestimmter Gene verwendet werden können.

Gezeigt ist eine Grafik, die den Einfluss des molekularen Profilings auf die klinsche Behandlung zeigt.

Abb. 2 Molekulare Nachweismethoden und ihr zunehmender Einfluss auf klinische Therapien.13–15

Alle Methoden sind für die Tumoranalyse wichtig, weisen jedoch auch Beschränkungen auf.

Tabelle die molekulare Techniken und deren Vor- und Nachteile auflistet.

Umfassende Tumoranalyse mit Hilfe von Hybrid-Capture basierter Next-Generation-Sequencing-Technologie (NGS)

Bei der Gensequenzierung mit Hilfe von Hybrid-Capture basierter NGS werden, neben den standardisiert kontrollierten Genen, auch seltene tumorspezifische Gene analysiert und so Regionen des Tumorgenoms untersucht, die anderen Tests entgehen.

Foundation Medicine ist spezialisiert auf Gentests in der Onkologie und bietet ein breites Portfolio molekularer Tumoranalysen:  

FoundationOne®CDx

FoundationOne®CDx ist eine validierte, gewebebasierte, molekulare Tumoranalyse für alle soliden Tumore. Untersucht werden 324 krebsspezifische Gene und die gefundenen Genveränderungen werden den vier Hauptklassen zugeordnet: Basensubstitution, Insertion/Deletion, Kopienzahlvariation und Rekombination. Außerdem erfasst der Test auch die Tumormutationslast (TMB) und die Mikrosatelliteninstabilität (MSI). Diese können als prädiktive Marker bei Immuntherapien verwendet werden.15–18

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FoundationOne®Liquid CDx

FoundationOne®Liquid CDx ist eine validierte, blutbasierte, molekulare Tumoranalyse für alle soliden Tumore. Es werden die vier Hauptklassen der genomischen Veränderungen (Basensubstitution, Insertion/Deletion, Kopienzahlvariation und Rekombination) in über 300 Genen detektiert. Darüber hinaus werden die Mikrosatelliteninstabilität (MSI) sowie die Tumormutationslast im Blut (bTMB) bestimmt.

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FoundationOne®Heme

FoundationOne®Heme ist eine validierte, gewebebasierte, molekulare Tumoranalyse für Sarkome und Lymphome.19 Es werden 406 krebsspezifische Gene auf DNA- und von diesen insgesamt 265 Gene zusätzlich auf RNA-Ebene untersucht. Des Weiteren werden alle vier Klassen von Genveränderungen (Punktmutationen, Insertionen/Deletionen, Amplifikationen sowie Genfusionen), sowie die Tumormutationslast (TMB) und die Mikrosatelliteninstabilität (MSI) untersucht.

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AVENIO Tumor Tissue CGP Kit (RUO)

Die FoundationOne® Expertise für Ihr Forschungslabor: Der AVENIO Tumor Tissue CGP Kit ermöglicht die Analyse von 324 tumorassoziierten Genen in Ihrem Labor. Vorkonfigurierte Reagenzien helfen einen optimierten Workflow von der DNA-Extraktion bis zur Variantenidentifikation zu etablieren. Mit der Power der FoundationOne® Analysis Plattform erfolgt die bioinformatische Auswertung sicher und effizient Cloud-basiert.

Mehr über AVENIO®

ALK: anaplastische Lymphomkinase; EGFR: epidermaler Wachstumsfaktor-Rezeptor; FISH: Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung; IHC: Immunhistochemie; LOH: Loss of Heterozygosity; MSI: Mikrosatellitenstabilität; NGS: Next-Generation Sequenzierung; NTRK: neurotrophe Tyrosinkinase; PCR: Polymerase-Kettenreaktion; RNA: Ribonukleinsäure; ROS: ROS Protoonkogen 1; TMB: Tumormutationslast; TRK: Tyrosinkinase; WES: Ganz-Exom-Sequenzierung; WGS: Ganz-Genom-Sequenzierung; ZNS: zentrales Nervensystem.

  1. Frampton GM et al. Nat Biotechnol 2013; 31(11): 1023–1031.
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M-DE-00018449